L'abside, de forme semi-circulaire, prolonge la nef et le chœur. Elle nous apparaît dans son décor de pierre, précédée de deux degrés, telle un véritable "Saint des Saints". Au centre, l'autel, symbole du Christ, est en pierre blanche. Une pierre, gravée d'une croix, signale l'emplacement des reliques dans l'autel. Au dessus de l'autel, suspendu, le Christ Rédempteur en bois polychrome date du XIII ème siècle.

De part et d'autre de l'abside, deux statues encadrent l'autel  :

• la Vierge Marie, couronnée, portant l'Enfant Jésus ; son regard est celui d'une Mère ; son geste, celui d'une Souveraine, désigne son Fils.

• Saint Jean, le disciple bien-aimé, qui prit Marie chez lui. Présent au Calvaire, comme la Mère de Jésus, il est aussi présent lors du Saint-Sacrifice de la Messe. Il est notre patron secondaire.

La nef, de forme allongée, ressemble, avec sa voûte, à  un vaisseau retourné, d'où son nom. Elle repose sur douze colonnes à  l'image de l'Église, fondée sur les douze Apôtres. En vue d'une meilleure participation des fidèles à  la liturgie, pour éviter les cloisonnements afférents aux masses architecturales, les colonnes et les arcs de la nef sont de faible épaisseur. De plus, le sol en pente légère contribue à  donner une bonne visibilité du chœur.

Douze croix sont gravées sur les murs latéraux : elles rappellent les douze onctions effectuées lors de la consécration du sanctuaire. Les bougeoirs placés devant ces croix indiquent que "chaque pierre marquée du saint chrême est une pierre sainte d'un édifice saint, destiné à  accueillir une assemblée sainte".

En avant de l'abside, le chœur réunissant les Frères, est meublé de stalles centenaires : elles proviennent de l'ancien Grand Séminaire de Laval.